In der Spandauer Kirche St. Nikolai nahm Kurfürst Joachim II. 1539 erstmals das Abendmahl nach lutherischem Ritus ein. Damit führte er die Reformation in der Mark Brandenburg ein. Das reformationsgeschichtliche Museum von St. Nikolai ist in einem Haus gegenüber der Kirche untergebracht, das im Kern aus dem Mittelalter stammt. Im Inneren ist das alte Fachwerk sichtbar. Die wechselnden Ausstellungen beschäftigen sich vorwiegend mit kirchlicher Geschichte sowie der Orts- und Regionalgeschichte. Gezeigt werden unter anderem Gemälde, Skulpturen, Abendmahlsgeräte, Kirchenbücher und Urkunden aus dem Besitz der Kirche.
Einen besonderen Schatz des Museums stellt die alte Kirchenbibliothek mit rund 3000 Bänden dar. Das älteste Buch ist eine Handschrift aus dem Jahre 1447. Auch einige Inkunabeln gehören zum Bestand. Am stärksten vertreten sind die Epochen der Reformation und der Aufklärung. So sind aus dem 18. Jahrhundert viele naturwissenschaftliche und philosophische Bücher erhalten geblieben. Sie stammen zum Großteil aus der Arbeitsbibliothek des Pfarrers Georg Wilhelm Wegner (1692–1765).
Die Nutzung der Bibliothek und des Archivs ist nur nach telefonischer Vereinbarung möglich.